A pesar de perderse 2 meses de la gira por problemas en su rodilla quedó con un registro de 5-3 en finales y fue número 1 del mundo durante la primera mitad de la temporada. Nadal partía como cabeza de serie número 2 y tras el sorteo del cuadro quedaría situado en el mismo lado que el serbio Novak Djokovic y el español David Ferrer, a quienes podría enfrentar en una hipotética semifinal, pero evitando a Roger Federer, Andy Murray y Robin Soderling hasta la final, Nadal llegaba como gran favorito tras su fantástica gira sobre arcilla. En semifinales, el mallorquín venció a su compatriota David Ferrer por un fácil 6-3, 6-2 en solo 1 hora y 15 minutos para así llegar a su sexta final consecutiva en el principado, ahí se midió nuevamente ante un tenista español, Fernando Verdasco, a quien destrozó por 6-0 y 6-1 para conquistar su sexta corona consecutiva en Montecarlo cortando una racha de 11 meses sin títulos, cediendo solo 14 juegos en el camino (la menor cantidad que ha cedido camino a un título), mostrándose imparable desde el fondo de la cancha en su mejor torneo. 3. Al ser sembrado debutó en el segunda ronda venciendo con facilidad a Rainer Schüttler por 6-4, 6-4 y a Mario Ančić por doble 6-2. En cuarta ronda tuvo un partido más complicado contra el cañonero americano John Isner, venciéndolo por 7-5, 3-6 y 6-3, en cuartos de final doblegó al checo Tomáš Berdych por 6-4, 7-6(4) para acceder a semifinales en California, donde cayó contra todo pronostico contra el futuro campeón Ivan Ljubičić por 6-3, 4-6, 6-7(1). Pero no todo fue negativo ya que en el dobles junto a su compatriota Marc López salieron campeones por primera vez en la modalidad tras vencer al canadiense Daniel Nestor y al serbio Nenad Zimonjić por 7-6(8), 6-3. Apenas sin descanso, a la semana siguiente jugó el Masters 1000 de Miami, debutó en segunda ronda contra el local Taylor Dent ganando por 6-3, 6-4. En la tercera ronda tiene un partido algo más diputado contra el argentino David Nalbandian ganando en 3 sets por 6-7(8), 6-2 y 6-2. En cuarta ronda, vence a su compatriota y amigo David Ferrer por 7-6(5), 6-4. En cuartos de final despacha al 8.º sembrado Jo-Wilfried Tsonga por un claro 6-3, 6-2 mostrando un gran nivel de tenis.
Su temporada oficial comenzó en el ATP 250 de Doha, donde debutó ante el italiano Simone Bolelli ganando por parciales de 6-3 y 6-3; en segunda ronda se encuentra al italiano Potito Starace, a quien vencería por 6-2 y 6-2, en cuartos de final juega contra el belga Steve Darcis, número 122 de la clasificación ATP, a quien Nadal derrota por un claro 6-1 y 2-0 y retiró por molestias en la cadera. Una semana después, empezó el último torneo ATP del año: el ATP Finals, que se celebró por primera vez en el O2 Arena de Londres (cambiándose de casa tras estar 4 años disputándose en Shanghái). En primera ronda debutaría ante el australiano John Millman al que superaba por un claro 6-3, 6-2 y 6-2. En segunda ronda su rival sería el joven australiano Thanasi Kokkinakis, sin embargo, Nadal accedería a tercera ronda directamente tras el walkover del joven australiano aduciendo lesión en el hombro. En cuartos de final, venció a su compatriota Juan Carlos Ferrero por 6-4, 6-2 siendo este su partido en el que más juegos cedió durante esta edición. Debutó en la jornada diurna contra Robin Soderling (su último duelo fue la histórica derrota de Nadal en Roland Garros), contra quien cayó por 4-6 y 4-6. En su segundo partido se midió al ruso Nikolái Davydenko, en un duelo en el que perdía quedaba eliminado del torneo, finalmente Nadal cayó por 1-6 y 6-7(4) quedando ya sin opciones de avanzar a semifinales y acabar el año como 1. En su tercer partido se midió contra Novak Djokovic, el cual era para cerrar su participación ya que pase lo que pase ya estaba eliminado, perdió por 6-7(5), 3-6 en 1 hora y 58 minutos cerrando su participación con 0 victorias y 3 derrotas, equipacion francia 2022 sin siquiera poder ganar un set en su peor participación en un Torneo de Maestros.
Después de una semana de descanso, Nadal juega el Abierto Mexicano TELCEL en Acapulco sobre arcilla siendo el sembrado N.º 2. Después de victorias sencillas sobre los argentinos Diego Schwartzman, Martin Alund y Leonardo Mayer, en semifinales venció a su compatriota Nicolás Almagro por un apretado 7-5 y 6-4. En la final le esperaba otro compatriota, David Ferrer, tres veces campeón defensor y n.º 4 ATP, siendo este su primer enfrentamiento contra un top 10 desde la final de Roland Garros 2012 con Novak Djokovic, en una prueba para ver su nivel actual, Rafa demostró estar devuelta y apabulló a Ferrer por un contundente 6-0 y 6-2 en solo 65 minutos para ganar el 52.° título de su carrera y 38 en tierra batida. De esta forma el español cedía el número 1 del ranking ATP en detrimento del serbio Novak Djokovic y cerraba el año 2018 con un balance de 45 victorias por tan sólo 4 derrotas, logrando así un 95% de efectividad. A diferencia de años anteriores, Nadal decidió saltarse el Torneo Conde de Godó (ATP 500) a pesar de ser el 5 veces campeón defensor por unos problemas en la rodilla y también porque de haber jugado, hubiera jugado 3 semanas consecutivas sobre arcilla (Montecarlo-Barcelona-Roma) y eso pudo haber aumentado un poco sus molestias.
Además se convierte en el primer tenista en la Era Abierta en ganar un mismo torneo 6 veces seguidas. 2 de cara a Roland Garros y también con apenas 23 años, Nadal se convirtió en el tenista con más títulos de Masters 1000 con 18 entorchados, deshaciendo el empate que tenía con Andre Agassi con 17. También se convirtió en el primer jugador de la historia en ganar los 3 Masters 1000 en tierra batida el mismo año. En semifinales vence al serbio Viktor Troicki por 6-1 y 6-3 para llegar a su primera final oficial del año, confirmando estar en gran forma, sin embargo, en la final Nikolái Davydenko lo derrotó por 6-0, 6-7(8) y 4-6 con Nadal teniendo 2 puntos de campeonato en el tiebreak del segundo set, quedando con un cara a cara negativo de 4-5 en 9 enfrentamientos frente al ruso y 0-3 en finales (rival a quien nunca pudo vencer en finales). En segunda ronda venció al eslovaco Lukáš Lacko por triple 6-2, en tercera ronda venció al alemán y cabeza de serie 27 Philipp Kohlschreiber por 6-4, 6-2, 2-6 y 7-5 mostrando un buen nivel de tenis de cara a la cuarta ronda, ahí se midió al cañonero croata Ivo Karlović y lo venció con algo de dificultades por 6-4, 4-6, 6-4 y 6-4 para avanzar a la segunda semana en Melbourne sin muchos obstáculos.
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