Debutó el viernes, abriendo la serie contra Nicolas Kiefer, batiéndolo por 7-6(5), 6-0 y 6-3, después de los triunfos de David Ferrer y la dupla Fernando Verdasco/Feliciano López, Rafa decidió guardar energías para la gira de tierra batida y no jugó el domingo. Tras una merecida semana de descanso, el 14 de enero empezó el primer Grand Slam de la temporada: el Abierto de Australia, donde le tocaba defender cuartos de final tras caer ante el chileno Fernando González en esa instancia el año pasado. Ante Irlanda del Norte vencieron como locales ante los irlandeses por 3 a 1 en la séptima jornada, contra los bielorrusos ganaron de visita (2-1) en la octava. Comenzó su temporada en el ATP International Series de Chennai en India, como el principal cabeza de serie. El español regresaría al número 1 del ranking ATP al finalizar el torneo, tras la derrota del serbio Novak Djokovic en cuartos de final del Masters 1000 de Shanghái ante el griego Stefanos Tsitsipas. En 1.ª ronda venció al francés Mathieu Montcourt por un cómodo 6-2, 6-4. En 2.ª ronda batió al estadounidense Rajeev Ram por 6-2 y 6-1. En cuartos de final a su compatriota Guillermo García López por 6-3 y 6-2 para así acceder a la final del torneo indio por segundo año consecutivo, allí se midió a otro español, a su ídolo Carlos Moyá, quien batió por un sufrido 6-7(3), 7-6(8) y 7-6(1) en 3 horas y 55 minutos, salvando 4 bolas de partido en el tiebreak del segundo set y ganando el partido ATP más largo de la historia (El que sería superado después en la semifinal del Masters de Madrid 2009 cuando Nadal se impuso a Djokovic en 4 horas y 3 minutos).
En 1.ª ronda ganó al serbio Viktor Troicki por 7-6(3), 7-5 y 6-1, en segunda ronda venció al francés Florent Serra por un claro 6-0, 6-2 y 6-2, en tercera ronda, venció a otro francés, a Gilles Simón por 7-5, 6-2 y 6-3 en un partido un poco trabajado llegando a salvar hasta 6 bolas de set en la primera manga. En cuartos de final se enfrentó al finlandés Jarkko Nieminen, a quien venció por 7-5, 6-3 y 6-1 para llegar a su primera semifinal en un Grand Slam sobre cancha dura y además sin ceder un solo set en el camino. Perdió la final del Masters Series de Hamburgo ante Roger Federer, lars7 quien puso fin a su racha de 81 victorias consecutivas sobre tierra batida. Sus primeros goles en la competición continental los anotó en el encuentro de ida de los octavos de final ante el A. C. Milan y dos semanas más tarde volvió a anotar dos goles ante el mismo rival. Su famoso jugador Leonidas da Silva sería el goleador del torneo con 7 goles.
En cuartos de final se enfrentó a un tercer estadounidense durante su participación en el torneo, Mardy Fish (n.º 35 del mundo), al que ganó por 3-6, 6-1, 6-4 y 6-2 en 2 horas y 38 minutos en un partido que terminó pasado las 2 AM en Estados Unidos, para así acceder a las semifinales en Flushing Meadows por primera vez en su carrera, pero sin jugar un tenis brillante, además logró llegar a las semifinales de los 4 Grand Slam en un mismo año por primera vez en su carrera y a la vez, con 22 años y 2 meses se convirtió en el tenista más joven en llegar a semifinales en cada Grand Slam en una misma temporada, ese mismo día el miércoles 3 de septiembre (aunque ya era jueves 4 en USA) se le fue otorgado el Premio Príncipe de Asturias de los Deportes. En las semifinales se midió con la sorpresa del torneo, el N.º 38 del mundo y francés de solo 20 años, Jo-Wilfried Tsonga, quien venía de vencer a Murray (9.º) y Gasquet (8.º) en 1.ª y 4.ª ronda respectivamente, desplegando un tenis fantástico, el francés logró eliminar al español por un claro 6-2, 6-3 y 6-2 en solo 1 hora y 56 minutos, Tsonga jugó tan inspirado que Nadal no pudo quebrarle el saque en todo el partido (teniendo solo 3 breaks points a favor).
En 2.ª ronda vence al WC croata Mario Ančić por un claro 6-0 y 6-3. En 3.ª ronda vence a su compatriota Juan Carlos Ferrero por 6-4 y 6-1. En cuartos de final vence a otro español, David Ferrer (5.º) por 6-1 y 7-5 en 1 hora y 40 minutos. Al día siguiente jugó la final contra el ruso Mijaíl Yuzhny, agotado y sin energías productos de su largo partido el día anterior, cayó por un claro 6-0 y 6-1 en solo 57 minutos de juego. Las autoridades ucranianas han denunciado este domingo que un misil ruso ha pasado peligrosamente cerca de la planta de energía nuclear de Pivdennoukrainsk, en el sur del país, en un incidente que han calificado directamente de «acto de terrorismo nuclear». 2 cabeza de serie, quedando situado en el mismo lado que el estadounidense Andy Roddick, a quien podría enfrentar en cuartos de final, y el ruso Nikolái Davydenko, camiseta francia 2022 a quien podría enfrentar en semifinales.