A la semana siguiente comenzó su temporada de forma oficial con el ATP 250 de Doha en Catar donde en primera ronda derrota a Karol Beck por 6-3, 6-0. En segunda ronda derrotó a Lukáš Lacko por 7-6(3), 0-6, 6-3. En cuartos de final derrotó a Ernests Gulbis por 7-6(3), 6-3. Pero al igual que el año pasado, fue eliminado por el ruso Nikolái Davydenko por 3-6, 2-6 en semifinales esta vez (en 2010 fue en la final), quedando con un Frente a Frente negativo de 4-6 en 10 enfrentamientos (así Davydenko se convertía en el primer jugador en tener H2H positivo contra Nadal tras 10 enfrentamientos). Tras 2 semanas de descanso después de su heroico logro, Nadal reapareció en el circuito a fines de septiembre para iniciar su gira asiática en el ATP Tour 250 de Bangkok, como dato al llegar a Tailandia causó gran revuelo entre los fanáticos. Tras casi un mes de descanso y después de lograr la hazaña de convertirse en el primer tenista de la Era Abierta en alcanzar los 21 Grand Slams, Nadal volvía a la competición en el ATP Tour 500 de Acapulco. Nadal reaparecía en el Torneo de Acapulco (ATP Tour 500) un mes después de su derrota en Australia.
12 del mundo Jurgen Melzer, cayendo sorpresivamente por 1-6, 6-3 y 3-6, siendo esta la 100.ª derrota de su carrera. Nadal quedaría situado en el mismo lado del cuadro que el alemán Alexander Zverev y el italiano Matteo Berrettini y debutaba con un cómodo triunfo en primera ronda ante el estadounidense Marcos Giron por 6-1, 6-4 y 6-2. En segunda ronda daría cuenta del alemán Yannick Hanfmann por 6-2, 6-3 y 6-4, y en tercera ronda vencería, en su primer partido exigente, al ruso Karen Jachanov por 6-3, 6-2, 3-6 y 6-1. Rafa alcanzaba los octavos de final del torneo, donde se mediría al francés Adrian Mannarino al que también vencería con facilidad por 7-6, 6-2 y 6-2. Nadal alcanzaba los cuartos de final del torneo por decimocuarta vez en su carrera (marca sólo superada por el suizo Roger Federer, con quince), donde se enfrentaría al joven canadiense Denis Shapovalov, y al que derrotaría por 6-3, 6-4, 4-6, 3-6 y 6-3, en un partido que se alargó más de cuatro horas y en el que el español sufrió un golpe de calor que lo tuvo al borde de la retirada.
Debutó contra el último, Roddick, en el jornada nocturna ganando por un estrecho 3-6, 7-6(5) y 6-4. En el segundo partido enfrentó a Novak Djokovic, ganándole por 7-5 y 6-2 asegurando su clasificación a semifinales del Masters, mientras que en el último partido venció a Tomáš Berdych por 7-6(3) y 6-1 terminando como líder del grupo y de forma invicta mostrando un gran nivel. 3 del mundo Novak Djokovic, el checo y No. 3 del mundo Novak Djokovic contra quien perdió por 6-4, 3-6, 2-6, dejándole sin título. En la final nuevamente se midió con Novak Djokovic. Apenas sin descanso a la semana siguiente jugó el Masters 1000 de Miami, Nadal empezó en segunda ronda derrotando a Kei Nishikori con un doble 6-4. En tercera ronda se midió ante su compatriota Feliciano López pero no fue problema, Nadal lo derrotó con un doble 6-3. Siguió mostrando un buen nivel en cuarta ronda contra Aleksandr Dolgopólov venciéndolo por un fácil 6-1, 6-2. Tomáš Berdych fue el rival en cuartos de final a quien el mallorquín derrotó por 6-2, 3-6, 6-3. En la semifinal se enfrentó con el suizo Roger Federer, al que derrotó por un claro 6-3, 6-2 en poco más de 70 minutos y así por primera vez en su carrera se clasificó para la final de Indian Wells y Miami en un mismo año.
En segunda ronda derrotó a Rik de Voest por 6-0, 6-2. En tercera ronda enfrentó al estadounidense Ryan Sweeting y lo derrotó por un fácil 6-3, 6-1. En cuarta ronda ganó al tenista indio Somdev Devvarman por 7-5, 6-4. En los cuartos de final se enfrentó a la muralla croata Ivo Karlović, el jugador más alto de la ATP, pero lo derrotó como algo de sufrimiento por 5-7, 6-1, 7-6(7). En semifinales se midió ante el tenista argentino Juan Martín del Potro (quien venía regresando de una lesión en la muñeca) y lo derrotó por doble 6-4 logrando su primera final de la temporada y el rival por el título sería el serbio el No. Debutó en 1.ª ronda venciendo al colombiano Santiago Giraldo por 6-4 y 6-4. En 2.ª ronda derrotó a la joven promesa canadiense Miloš Raonić, también por doble 6-4. En cuartos de final venció al ruso Dmitri Tursúnov por un fácil 6-4 y 6-1. En semifinales tuvo una batalla contra el serbio Viktor Troicki, a quien venció por un ajustado 7-6(4), equipacion francia 4-6 y 7-6(7) salvando 2 bolas de partido en el tiebreak del 3.º set. En la final venció al francés Gaël Monfils por un cómodo 6-1 y 7-5 para ganar su primer título en el Torneo de Tokio, séptimo de la temporada y 43.º de su carrera profesional.