Tras una semana de descanso, el 23 de junio empezó el tercer Grand Slam del año: Wimbledon al que Nadal llegaba como uno de los favoritos, solo detrás del 5 veces campeón defensor Roger Federer: como era obvio quedó en la parte baja del cuadro compartiendo cuadro contra Andy Roddick, Nikolái Davydenko y Andy Murray como sus rivales más peligrosos camino a la final. También se une a Lleyton Hewitt, Andy Roddick, Roger Federer y Richard Gasquet como los únicos jugadores en activo con al menos un título en todas las superficies (dura (outdoor e indoor), tierra batida y césped), esta victoria le permite sumar más puntos de cara al ranking de la ATP que en estos momentos lidera el suizo Roger Federer, quedando a 1.145 puntos de suizo y logrando alejarse a 395 puntos de su rival de hoy, el serbio Novak Djokovic. 5 del mundo David Ferrer, a quien venció por 6-1, 4-6 y 6-1 en 2 horas y 14 minutos para conquistar su segundo título de la temporada, cuarto consecutivo en el Godó (primero en lograrlo), convirtiéndose en el tenista que más veces lo ha ganado, gracias a este triunfo se posicionó en el 1.º lugar de la ATP Race, delante de Novak Djokovic y Roger Federer.
Al empezar el año cómo n.° 1, el que lo destronó fue Novak Djokovic, ganó 3 títulos durante la temporada, todos en arcilla (Roland Garros, el Masters de Montecarlo y el ATP 500 de Barcelona). También puso fin a la racha de Federer de cinco títulos consecutivos en Wimbledon y 65 victorias consecutivas en canchas de césped, impidiéndole lograr un sexto título consecutivo en el césped londinense, Björn Borg había sido el único hasta la fecha en quedar a 1 partido de ganar 6 Wimbledon seguidos, curiosamente fue John McEnroe, zurdo de 22 años y segundo en el Ranking ATP en ese entonces (igual que Nadal ahora y con la misma edad también irónicamente) quien se lo impidió en 1981. Una vez concluido el torneo, Nadal quedó solo a 545 puntos de Federer en el Ranking ATP, lo más cerca que ha estado del número 1 hasta el momento, superando la barrera de los 6000 puntos por primera vez en su carrera al llegar a 6055 (muy cerca de los 6600 pts de Federer). 1 del mundo Roger Federer, con un Head To Head favorable al español por 8-6 (6-1 en tierra batida) y enfrentándose por tercer año consecutivo en la final del Principado (las 2 anteriores triunfos de Rafa en 2006 y 2007), Nadal logró revalidar su título al vencer al suizo por un ajustado 7-5 y 7-5 en 1 hora y 43 minutos para lograr su primer título del año, convirtiéndose así en el primer tenista en ganar cuatro títulos consecutivos en Mónaco desde que lo hiciera Anthony Wilding en 1914 y el primero en lograrlo en la Era Open.
Tras un inicio dubitativo, Nadal consiguió remontar un 1-5 y servicio del suizo para adjudicarse la primera manga por 7-5. El segundo set tuvo que aplazarse hasta la muerte súbita, donde el suizo se impuso por 6-7(3). La última manga cayó del lado del español por 6-3 venciendo en 2 horas y 52 minutos logrando su undécimo Masters Series con solo 21 años. En semifinales se enfrentó al serbio y 3.º del mundo, Novak Djokovic, a quien venció por 6-4, 6-2 y 7-6(3) en su partido más trabajado del torneo, llegando a salvar un set point en el 5-6 AV mientras estaba al saque, de este modo llega a la final en París sin ceder sets por segundo año consecutivo, convirtiéndose en el primer jugador desde Ivan Lendl en 1987 en alcanzar la final de Roland Garros durante 4 años consecutivos y aumentado su diferencia a 8-3 en el H2H frente al serbio (4-0 en Grand Slam), además de asegurarse continuar siendo el N.º 2 del mundo tras este triunfo. En la final se enfrenta a uno de los mejores jugadores del momento, el serbio y 3.º del mundo Novak Djokovic, volviendo a verse las caras solo 9 días después de su duelo en Roland Garros, las cosas no empezaron bien, ya que el serbio llegó a estar 3-0 arriba en el primero, pero Nadal logró recuperar el break e igualar a 3 y se fueron al tiebreak donde Rafa logró llevárselo por un estrecho 8-6, en el segundo set Novak llegó a sacar 5-4, pero el español quebró en el momento justo, sumado a esto ganó 2 games más y se llevó un durísimo partido por 7-6(6) y 7-5 en 2 horas y 16 minutos para lograr su primer título sobre césped, 5.º del año y 28.º de su carrera, estirando su ventaja en el H2H a 9-3 (1-0 en césped y 2-0 en finales) sobre el serbio, convirtiéndose además en el único jugador en ganar Roland Garros y a la semana siguiente vencer en Queen’s Club además de acabar con una sequía de 36 años de los tenistas españoles sobre pistas de hierba, habiendo sido Andrés Gimeno en Eastbourne 1972 el último en coronarse campeón sobre esta superficie.
El partido fue suspendido por la lluvia cuando Federer lideraba el tercer set por 5-4, una vez reanudado, tuvieron que decidirlo en una muerte súbita que se llevó Federer por 7-5. En el cuarto tampoco hubo roturas del servicio de ninguno de los dos jugadores, y llegaron a otra muerte súbita, donde Nadal contó con los primeros dos puntos para proclamarse campeón, pero Federer se supo reponer y se llevó el set por 10 a 8 en el desempate. En semifinales se enfrenta al campeón defensor, el especialista en esta superficie y norteamericano Andy Roddick (quien además había campeonado 4 veces aquí), venciéndolo con dificultades por 7-5 y 6-4 en 1 hora y 27 minutos clasificándose para la tercera final en césped de su carrera, camiseta francia la primera fuera de Wimbledon. Al ser primer cabeza de serie, empezó desde la segunda ronda enfrentó al 140 del mundo y local Joao Souza, a quien venció por 6-3 y 6-4. En los cuartos de final, se enfrentó a un especialista argentino en arcilla, Carlos Berlocq, quien se encontraba en plena forma al comienzo de la temporada. Debutó en 2.ª ronda venciendo al italiano Potito Starace por 6-4 y 6-2. En 3.ª ronda batió al español Feliciano López por 6-4 y 6-3. En cuartos de final venció al argentino Juan Ignacio Chela por un cómodo 6-4 y 6-2. En semifinales se enfrentó a la sorpresa del torneo, el alemán Denis Gremelmayr, equipacion francia con quien no tuvo compasión y aplastó por 6-1 y 6-0 en 51 minutos.