El mes de agosto, gana en Montreal su primer Masters Series sobre pista rápida al derrotar en la final a toda una leyenda como André Agassi por 6-3, 4-6 y 6-2 en la que sería su última final de Masters Series que disputaría el estadounidense antes de anunciar su retirada del circuito profesional. Allí venció con más facilidad al francés Jo-Wilfried Tsonga por 6-2, 6-3 y 6-2. El español alcanzaba por tercer año consecutivo la segunda semana del torneo, enfrentándose en octavos de final al portugués Joao Sousa, al que vencería por 6-2, 6-2 y 6-2. Ya en cuartos de final y mostrando un nivel abrumador al resto, el español daba cuenta del estadounidense Sam Querrey, accediendo así a las semifinales del torneo por segundo año consecutivo y por séptima vez en su carrera, también sumaba la trigésimo segunda semifinal de Grand Slam particular, superando de esta forma al estadounidense Jimmy Connors (31), quedando tan solo por detrás del serbio Novak Djokovic (36) y del suizo Roger Federer. El 11 de junio de 2006 conquistó su segundo título del Grand Slam ganando al tenista suizo Roger Federer, número 1 del mundo, en la final del torneo francés de Roland Garros.
Roger Federer (6-3, 4-6, camiseta seleccion francesa 6-4 y 6-3) y alcanzó su primera final de Grand Slam. Finalmente quedó primera del grupo con 4 victorias, 2 derrotas y una puntuación final de 8 puntos. En marzo, jugó su primer partido contra Roger Federer (que desde el mes anterior era número uno por primera vez en su carrera), en el Masters de Miami, con un resultado de 6-3, 6-3 a favor del español. El éxito «Manny Rivera» es una tiradera para Gris que es un preludio de la ruptura generacional que estaba a punto de suceder en el año 2014 cuando el movimiento trap superaría al rap clásico español del cual era parte SDJ Crew pero el mejor ejemplo de esta ruptura es el beef con MDE Click y NY aka N-Wise Allah. Durante la gira de pista dura norteamericana los resultados no le acompañaron, en Indian Wells tras derrotar a Sébastien Grosjean y Marcos Baghdatis era derrotado en semifinales por James Blake y en Miami era derrotado sorprendentemente en su primer encuentro ante su compatriota Carlos Moyá pese a ganar la primera manga. El equipo hispano no contaba con sus dos hombres más fuertes en ese momento, Juan Carlos Ferrero y Carlos Moyá, por lo que Rafael Nadal tuvo que afrontar la enorme responsabilidad de jugar tres partidos.
De esta temporada quedan sus victorias ante los Top10 como Albert Costa (en el TMS de Montecarlo) y Carlos Moyá, en el TMS de Hamburgo. Nadal remontó dos sets en contra para ganar su primer TMS en indoor. Sin embargo, este año igualó al número 1 Roger Federer como el tenista del circuito ATP con más títulos ganados, ganando un total de 11 torneos a lo largo de 2005 (Costa Do Sauípe, Acapulco, Barcelona, TMS Montecarlo, TMS Roma, Roland Garros, Bastad, Stuttgart, TMS Montreal, Abierto de China y TMS Madrid). En semifinales, se enfrentó por tercera vez a un jugador argentino en esta edición de Roland Garros, Juan Martín del Potro, y lo vence en tres sets por un claro 6-4, 6-1 y 6-2, convirtiéndose en el segundo jugador en la historia en jugar 11 finales en un mismo Grand Slam, empatando las 11 finales de Roger Federer en Wimbledon (8 victorias), siendo además la vigésimo cuarta final en la categoría de Grand Slam, segunda marca histórica solo superada por el suizo Roger Federer con 30. En ella, su rival sería el joven austriaco Dominic Thiem, único jugador en vencer a Nadal en los dos últimos años sobre tierra batida (Roma 2017 y Madrid 2018). Esta vez, el balear haría prevalecer su superioridad en el torneo parisino y conquistaba el título por un marcador de 6-4, 6-3 y 6-2 en 2 horas y 42 minutos, alzándose así con su Grand Slam número 17, situándose a tan solo tres de distancia del suizo Roger Federer.
En cuarta ronda se enfrentaría al joven australiano Nick Kyrgios, número 144 del mundo. Sergei Lavrov, ministro de Exteriores de Rusia, ha tildado de «intolerable» la decisión de Macedonia del Norte, Montenegro y Bulgaria de no dar permiso al avión en el que viajaba para poder llegar a Serbia, donde tenía previsto realizar una visita oficial. De nuevo se perdió el Torneo de Roland Garros, en esta ocasión por una fractura de tobillo que le tuvo apartado de la gira en tierra batida. Roger Federer yendo de menos a más, le ganaría por 1-6, 6-1, 6-4 y 7-6(4) y por segundo año consecutivo dominaba la temporada de tierra batida con autoridad. Para finalizar el año venció en el primer Torneo Máster Ciudad de León, no puntuable para el circuito ATP, imponiéndose en la final a Fernando Verdasco y no cediendo ningún set en todo el torneo. En la gran final, se volvió a enfrentar con Roger Federer por tercera vez consecutiva, Nadal llegaba a la final con una racha de 23 victorias consecutivas sumando arcilla y césped y con su 1.º título sobre césped conseguido en Queen’s hace 3 semanas, mientras que Federer venía de ganar su 5.º título consecutivo en Halle, y llegaba a la final de Wimbledon sin ceder sets, torneo del que es pentacampeón defensor además, aunque a pesar de todos estos números, algunos ex tenistas y casas de apuestas veían más favorito a Nadal para esta final.