Empieza la temporada 2008 como su tercer año consecutivo como número 2 en un nuevo intento por intentar destronar a Roger Federer de la cima del tenis, aunque sus objetivos para la temporada eran ganar Wimbledon y los Juegos Olímpicos por primera vez y ganar una segunda Copa Davis. Durante la segunda mitad del año, Nadal luchó contra una lesión de rodilla sufrida durante la final de Wimbledon y hubo rumores de que la lesión en el pie que sufrió durante 2005 causó daños a largo plazo, algo a lo que su entrenador y tío Toni Nadal dio crédito. El español volvía a la competición durante la segunda semana de agosto participando en el Masters 1000 de Montreal. Fue semifinalista en el Masters Series de Montreal en Canadá, perdió su primer partido en el Masters de Cincinnati y fue derrotado en la cuarta ronda del Abierto de EE. En la eliminatoria por la permanencia en el Grupo Mundial de Copa Davis Rafael Nadal fue quien, al igual que el año anterior ante el mismo rival, Italia, cmaiseta francia 2022 mundial tiró del equipo de España para lograr mantenerse en el Grupo Mundial. Sus cifras goleadoras se redujeron a 11 goles en 36 partidos; para aportar al equipo tuvo que retrasar su posición y servir asistencias a los arietes Ole Gunnar Solskjær y Andy Cole.
A diferencia de temporadas anteriores, esta vez el conjunto del Principado mostró su faceta más ofensiva basándose en un juego de rápidas transiciones y desbordes por las bandas, contabilizando 36 goles a favor en 12 partidos del torneo doméstico, mejor marca histórica desde 1969. El Mónaco terminó la primera vuelta del campeonato en segunda posición, habiendo marcado 56 goles, más que ningún otro equipo del continente. En cuartos de final se impuso a su compatriota Nicolás Almagro por 7-6(2), 7-6(3) y 6-4 en su partido más difícil en esta edición, en semifinales se enfrentó al austriaco Jürgen Melzer, la sorpresa del torneo y quien venía de vencer a Ferrer y Djokovic, no fue problemas para Rafa venciéndole por 6-2, 6-3 y 7-6(6) en un poco más de 2 horas para acceder a su quinta final en París. En octavos de final se enfrentó por tercera vez consecutiva a un francés en el torneo, a Paul-Henri Mathieu, quien venía de un duro partido de 5 sets contra el austriaco Stefan Koubek, Rafa venció al francés por 6-4, 3-0 y retirada del galo por problemas físicos, en solo 57 minutos, camiseta francia así avanzaba a la segunda semana en Melbourne jugando un buen tenis y sin ceder sets.
3 del mundo Novak Djokovic, el checo y No. 9 de julio de 2006, se volvía a enfrentar contra todo pronóstico al tenista suizo en la final del torneo londinense de Wimbledon, aunque en esta ocasión la victoria fue para el número 1 del mundo por 0-6, 6-7, 7-6 y 3-6. De esta manera, Federer conquistaba su cuarto título en el All England Club consecutivo. 22.ª victoria del español sobre el suizo en 32 enfrentamientos. Su técnico Alex Ferguson había reforzado al plantel con la llegada de Roy Keane y permanecerían imbatidos desde septiembre hasta febrero de 1994, con una ventaja final de 12 puntos sobre el segundo. El 27 de septiembre arrancó el último Grand Slam de 2020: Roland Garros. En septiembre, en el Abierto de Estados Unidos 2006, último Grand Slam de la temporada. Nadal jugó por segundo año consecutivo el Torneo de Queen’s Club en Londres, y al igual que en 2006, cayó en los cuartos de final.
En 1.ª ronda venció al francés Mathieu Montcourt por un cómodo 6-2, 6-4. En 2.ª ronda batió al estadounidense Rajeev Ram por 6-2 y 6-1. En cuartos de final a su compatriota Guillermo García López por 6-3 y 6-2 para así acceder a la final del torneo indio por segundo año consecutivo, allí se midió a otro español, a su ídolo Carlos Moyá, quien batió por un sufrido 6-7(3), 7-6(8) y 7-6(1) en 3 horas y 55 minutos, salvando 4 bolas de partido en el tiebreak del segundo set y ganando el partido ATP más largo de la historia (El que sería superado después en la semifinal del Masters de Madrid 2009 cuando Nadal se impuso a Djokovic en 4 horas y 3 minutos). En julio, Nadal ganó su último título de la temporada, el Torneo de Stuttgart. En el transcurso de la temporada, Nadal disputó la Batalla de las superficies en una cancha mitad césped y mitad arcilla en Mallorca contra Federer, venciendo el primero.