Llegó a Roland Garros como máximo favorito una vez más demostrando estar recuperando en un 100% de su lesión en la rodilla, el sorteo lo dejó del mismo lado del cuadro del número 1, Novak Djokovic, pudiendo enfrentarse en una potencial semifinal. Pablo Andújar, en un partido mucho menos disputado que el día anterior, el balear se impone por 6-0 y 6-4 en 1 hora y 16 minutos así Nadal logró su séptima final en igual cantidad de torneos desde que regresó a la competencia en febrero tras una lesión en la rodilla. También batió otro récord en el torneo parisino, batió la mayor cantidad de victorias en el torneo camino a su octava «Copa de los Mosqueteros» con 59 triunfos y 1 sola derrota. Y en el Masters de París-Berçy también alcanzó las semifinales tras vencer a Marcel Granollers 7-5, 7-5, al último finalista del torneo Jerzy Janowicz 7-5, 6-4 y al francés Richard Gasquet frente a su público por 6-4 y 6-1 en cuartos de final, cayó derrotado ante un excelente David Ferrer por 6-3 y 7-5 en semifinales.
Ambos jugadores entregan un partido de alto nivel, con un suizo agresivo y decidido ganó el primer set 7-5, Nadal se las arregló para contrarrestar a Roger, empujándolo a cometer errores y así ganó los siguientes 2 sets por 6-4 y 6-3 para ganar en 2 horas y 15 minutos. Los dos sacan muy bien durante la primera manga, pero Nadal controla la mayoría de los intercambios y rompe el servicio del checo en el mejor momento para concluir este set por 7-5, el comienzo del segundo set se parece al primero, pero Berdych quiebra primero a Nadal, para liderar 4-2. Sin embargo, Rafa reacciona rápidamente al recuperar la rotura de inmediato y luego ganar de forma sufrida su servicio para empatar 4-4. El set se va a una muerte súbita donde Nadal se adelanta rápidamente en el marcador, todo termina tras una derecha ancha de Berdych que le da el tiebreak a Nadal por 7-4. Se enfrenta en la final al estadounidense John Isner, verdugo de Richard Gasquet, Novak Djokovic y Juan Martín del Potro. Tomáš Berdych, al que también derrotó por 6-4, lars7 1-6 y 6-3 para terminar como primero del grupo.
En segunda ronda elimina con más dificultad al alemán Philipp Kohlschreiber 6-4, 7-6(3), en los cuartos de final, vuelve a sufrir con Fabio Fognini a pesar de ir liderando 6-2 y 4-1, gana el partido en tres mangas por 6-2, 4-6 y 6-1. En las semifinales vence a Tomáš Berdych por 4-2 y retiro del checo, lo que asegura que Rafa se convierta en número 1 del mundo el próximo lunes 7 de octubre, sea cual sea el resultado de la final. En semifinales se enfrentó al checo y sexto sembrado Tomáš Berdych. Tras 2 semanas y media de descanso regresó a la competición a principios de octubre en el Torneo de Pekín y con un objetivo claro, recuperar el número 1, lo cual lograría si llegaba a la final o Djokovic no ganaba el torneo. Tras 5 semanas de descanso, reanudó la competencia a principios de agosto en el Masters de Montreal. Tres semanas después el balear anunciaba su calendario para la gira norteamericana de verano, participando por primera vez en su carrera en el ATP Tour 500 de Washington, para posteriormente acudir a los Masters 1000 de Canadá y Cincinnati, y por último viajar hasta Nueva York para disputar el último Grand Slam de la temporada: el Abierto de Estados Unidos.
Fue sorpresivamente eliminado en primera ronda en sets corridos por el belga Steve Darcis por 6-7(4), 6-7(8) y 4-6 en 2 horas y 55 minutos de acción, quien se ubicaba en el puesto N.º 135, convirtiéndose en el primer jugador en eliminar al español en la primera ronda de un Grand Slam. El alemán le ganó el primer set del torneo al español, pero Nadal finalmente remontó ganando por 6-7(4), 6-4, 6-3 y 6-1. En los cuartos de final, barrio a su compatriota Tommy Robredo, verdugo de Roger Federer en la ronda anterior, por un contundente 6-0, 6-2 y 6-2 en 1 hora y 40 minutos, este fue el cuarto de final más rápido del US Open desde Ivan Lendl contra Derrick Rostagno en 1988. En las semifinales, se topa con Richard Gasquet (a quien había vencido en los 10 enfrentamientos previos). El 24 de junio de 2013, Rafael Nadal comenzó su primer torneo sobre césped del año en Wimbledon sin participar en ningún torneo de preparación previo. En la final, se enfrentaría al número 2 del mundo, Novak Djokovic. En el segundo set, Novak aumenta su nivel de juego, rompiendo al español mientras estaba liderado 4-3. El N.º 1 del mundo debió salvar un Break Point antes de cerrar la segunda manga a su favor por 6 a 3. En el último set, ninguno de los dos jugadores pierde su saque.
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