Se adelantaron los brasileños con un gol de Ronaldo a comienzos del segundo tiempo y el empate lo logró Patrick Kluivert de cabeza. Nadal acudía a París como cabeza de serie número 4, tras la baja por lesión del suizo Roger Federer. En su debut vencería al argentino Guido Pella por 6-3 y 6-2, en tercera ronda daría cuenta de su compatriota Fernando Verdasco por 6-3 y 7-5 y ya en cuarta ronda se enfrentaría al suizo Roger Federer. En el primer Grand Slam de la temporada, el Abierto de Australia, Nadal debutaría en primera ronda ante su amigo y compatriota Fernando Verdasco. El 16 de enero arrancaba el primer Grand Slam del año: el Abierto de Australia donde fue eliminado en la primera ronda en 2016 por Fernando Verdasco. Grand Slam ante un francés (la primera en el Abierto de Australia 2008), dejando al español a las puertas de los cuartos de final y completando así seis Grand Slam consecutivos sin alcanzar dicha ronda. También ese año, la selección se clasificó para disputar los Juegos Olímpicos de Pekín 2008 después de 13 ediciones sin participar, desde los Juegos Olímpicos de Helsinki 1952 donde fueron eliminados en la ronda preliminar.
Tras la decepción del primer Grand Slam del año, Nadal iniciaba un año más la gira sudamericana en arcilla. En ella, su rival sería el suizo y ex-número 1 del mundo Roger Federer, lo que significaría el enfrentamiento número trigésimo quinto entre ambos, con un balance a favor del español de 23-11 y también su novena final de Grand Slam entre ambos con balance favorable a Nadal 6-2, siendo su última final en Roland Garros 2011 con triunfo para el balear en cuatro mangas. Tras esto, el manacorí descendería al séptimo puesto del ranking ATP debido a la victoria final del suizo ante Stanislas Wawrinka. A pesar de la derrota, Nadal ascendería del noveno al sexto puesto del ranking ATP, pero lo más importante sería lograr recuperar las buenas sensaciones en su juego, después de derrotar a dos jugadores del top 10 durante el torneo y alcanzar las rondas finales de un Grand Slam después de dos años.
Así cierra 2016 con dos títulos y el oro olímpico en dobles, terminando el año con un discreto récord de 39-14 y en el noveno lugar, siendo esta la primera vez desde 2004 que no termina el año en el top 5. Sin embargo, al terminar noveno, camiseta de francia logra finalizar en el Top 10 por duodécimo año. Nadal se despedía del primer grande del año cayendo a las primeras de cambio, circunstancia que solo le sucedió una vez a lo largo de su carrera: en Wimbledon 2013 ante el belga Steve Darcis. Mostrando un nivel muy sólido en su juego y un alto nivel físico, Nadal accedía a las semifinales del Abierto de Australia, ronda que no alcanzaba desde Roland Garros 2014, donde le esperaba el joven búlgaro Grigor Dimitrov. Siendo esta la primera vez en su carrera que se retira durante un Grand Slam, solo un retiro había hecho su carrera en Australia 2010. De esta forma Nadal terminaba su andadura en Roland Garros dejando su marca hasta el momento en 72-2 y sembrando muchas dudas sobre su participación en Wimbledon y, posteriormente, en los Juegos Olímpicos de Río de Janeiro. Después de dos meses de ausencia en la competición y causar baja también en el Masters 1000 de Montreal, Nadal confirmaba el 31 de julio, a pocos días del comienzo de los Juegos Olímpicos de Río de Janeiro, su participación en el cuadro de individuales, de dobles y de dobles mixtos.
Tras causar baja en los Juegos Olímpicos de Londres 2012 por una lesión en la rodilla, Nadal encabezaba en Río la delegación española como abanderado, uniendo su nombre al de otros ilustres deportistas españoles como Pau Gasol, David Cal, Isabel Fernández o Manuel Estiarte. Ante Montenegro como visitante obtuvieron un empate (2-2) tras perder 2 goles de ventaja. En la final contra Portugal que pasó la primera ronda con empates y siguió el camino hasta la final con penales y goles agónicos, pierden 1:0 y Portugal logra ganar su primera copa. Anotó sus dos primeros goles de la campaña el 20 de octubre en la victoria por de 2:0 sobre el Stoke City. 26-23 (favorable al serbio quien logró su séptima victoria seguida sobre el balear) y mostrando por primera vez en mucho tiempo un Nadal competitivo ante el número 1 del mundo ya que fue el primero en quebrar en ambos sets y saco para set durante la segunda manga.