El 27 de julio del 2005 obtuvo el título del Torneo Apertura ganando en la penúltima fecha al Unión Huaral por el marcador de 1-0 con gol anotado por Miguel Mostto, con 51 puntos en el Apertura obtuvo su segundo título en la primera división del fútbol profesional peruano. Ese mismo año Cienciano con sus figuras que se mantenían quienes habían sido campeones tanto como la Sudamericana 2003 y la Recopa Sudamericana 2004 como Óscar Ibáñez, Alessandro Morán, Carlos Lugo, Juan Carlos Bazalar, Julio García, Miguel Mostto, Sergio Ibarra, César Ccahuantico, Ramón Rodríguez, Giuliano Portilla entre otros.
