Rafa abrió el domingo disputando el cuarto punto contra la raqueta número 1 argentina Juan Martín del Potro, ganando su segundo single de la serie por 1-6, 6-4, 6-1, 7-6(0) en 4 horas de batalla para darle su quinta Copa Davis a España y cuarta personal de Nadal, terminando así de buena forma un año bastante gris. Una semana después de este duro golpe, Nadal participó en la final de la Copa Davis 2011 liderando a España contra la Argentina de Juan Martín del Potro y David Nalbandian, a disputarse entre el 2 y 4 de diciembre en el Estadio de la Cartuja en Sevilla sobre tierra batida indoor. También aumentó su propio récord de títulos Masters 1000 a 19 y el récord del más ganador en el Masters de Montecarlo con 7 títulos en la arcilla monegasca. Inmediatamente después de esta derrota, Nadal acudía a París para disputar el último Masters 1000 de la temporada: París-Bercy. En semifinales y por segundo año consecutivo se enfrentó al ídolo local Andy Murray, pese a la localía, Nadal lo derrotó por 5-7, 6-2, 6-2, 6-3 accedió a la final del torneo por quinta participación consecutiva (2006-08 y 2010-11, en 2009 no participó debido a una lesión).
En semifinales, se enfrentó por tercer Grand Slam consecutivo al británico Andy Murray, siendo esta su primera gran prueba de fuego y tras un gran partido el tenista español ganó por 6-4, 6-2, 3-6, 6-2 en 3 horas y 24 minutos para acceder a su segunda final consecutiva en Nueva York. En la final nuevamente se midió ante el serbio Novak Djokovic, y cayó en una ardua batalla de 4 horas y 10 minutos por 2-6, 4-6, 7-6(4), 1-6 perdiendo contra Nole por sexta vez consecutiva (todas en finales); también perdió por primera vez un partido de más de 4 horas tras 9 victorias al hilo. Así que Nadal pasó directamente a cuartos de final, su rival, Michaël Llodra, fue derrotado por doble 6-2. Nadal en semifinales ganó ante el tenista suizo Roger Federer, tras un primer set duro, el español manejo con más facilidad el segundo y el tercero y lo terminó derrotando por 5-7, 6-1, 6-3. Nadal pasó a la final del torneo pero fue derrotado otra vez ante el tenista serbio Novak Djokovic por tercera vez en el año y primera vez en arcilla en 10 enfrentamientos, quien además le cortó una racha de 37 victorias consecutivas en su superficie predilecta, si bien Nadal luchó en el primer set, no tuvo oportunidad en el segundo, y el partido acabó 5-7, 4-6 en más de 2 horas de lucha.
En la primera ronda ganó ante Michael Russell por 6-4, 6-2, 6-2. En segunda ronda le ganó a Ryan Sweeting por 6-3, 6-2, 6-4. En tercera ronda le ganó a Gilles Müller en un partido peleado por 7-6(6), 7-6(5) y 6-0. En cuarta ronda se midió ante el argentino Juan Martín del Potro, en un reñido partido Nadal consiguió la victoria por 7-6(6), 3-6, 7-6(4), equipacion francia 2022 6-4 en 3 horas y 52 minutos en un duelo en el que estuvo a punto de retirarse por una dolencia en el pie izquierdo tras una caída. Empezó en segunda ronda ante Marcos Baghdatis que fue derrotado fácilmente con un 6-1, 6-3. En tercera ronda le tocaba jugar ante el argentino Juan Martín del Potro, pero el tenista argentino abandonó antes de empezar por una lesión. En segunda ronda debutó ante el wild-card local Paolo Lorenzi, sorpresivamente el italiano le dio batalla, pero Nadal supo manejar el partido, ganándole 6-7(5), 6-4, 6-0. En tercera ronda ganó ante su compatriota Feliciano López por 6-4, 6-2 en un partido en el que jugó con un estado febril, a pesar de la opinión contraria de su tío Toni de recomendarle no jugar, Rafa decidió jugar igual, porque una eliminación antes de las semifinales era sinónimo de que perdería el número 1 del mundo.
En primera ronda le ganó al local Go Soeda por 6-3, 6-2. En segunda ronda le ganó a Milos Raonic por 7-5, 6-3. En cuartos de final le ganó a Santiago Giraldo por 7-6(6), 6-3. En semifinales se enfrentó ante Mardy Fish y ganó por 7-5, 6-1. En la final perdió ante Andy Murray por 6-3, 2-6, 0-6 jugando a un gran nivel el primer set pero bajando poco a poco a partir del segundo. Ante Italia, cayeron de locales (1-0) y empataron (1-1) de visita, ante Polonia los derrotaron (2-1) de visita y (2-0) de local y ante Bosnia-Herzegovina empataron a 0 de visita y los derrotaron por 3 a 1 de local, consiguiendo 11 puntos insuficientes, quedando eliminados a favor de Italia, quien consiguió 12 puntos. Pero finalmente sería derrotado por los Países Bajos y su estrella Johan Cruyff y clasificaría al partido por el tercer lugar contra Polonia. En segunda ronda ganó ante Pablo Andújar por 7-5, 6-3, 7-6(4) en 3 horas en un partido en el que logra una increíble remontada en la tercera manga al revertir un 1-5 0-40 restando y salvando 8 bolas de set en el camino.